В отличие от других семян, оболочка льняного семени слишком плотная и наш ЖКТ не может ее переварить (читай: вся их польза оказывается недоступна). Не перемолотые семена льна «проходят транзитом» и покидают наш ЖКТ в том же виде, в котором попали в него.
Поэтому:
1) если вы хотите получить от семян льна минеральные вещества (в 15г содержится 8% суточной нормы цинка, 20% магния и даже 4% железа), надо замачивать _И_ перемалывать (можно сначала перемолоть, потом замочить или закинуть после замачивания в смузи).
2) если вы употребляете семена льна как источник омега-3 жирных кислот, замачивать их необязательно, но перемалывать стоит, причем непосредственно перед употреблением — омега-3 разрушается при контакте с кислородом.
3) если ваша цель — добавить в рацион клетчатки и нормализовать работу кишечника, просто добавляйте семена в каши, салаты и т.д. Ни замачивать, ни перемалывать вам не надо.